Miasto Gostyń zostało założone od podstaw na tzw. nowiźnie, czyli na niezamieszkałym wcześniej miejscu. Teren ten ograniczała z jednej strony rzeka Kania, a od zachodu trakt drożny Wrocław-Poznań. Miasto otrzymało bardzo regularny układ ulic. Było przez cały czas ośrodkiem średniozamożnym i nieobwarowanym murami. Przywilej lokacyjny miasta, oparty na prawie magdeburskim, wystawił w 1278 roku dla Mikołaja Przedpełkowica z rodu Łodziów, książę wielkopolski Przemysł II, późniejszy król Polski. Była to pierwsza udana prywatna lokacja miejska w Wielkopolsce. Wcześniej zakładaniem ośrodków miejskich, ze względu na znaczne koszty i długi czas oczekiwania na zwrot zainwestowanych sum, trudnili się wyłącznie książęta lub duchowieństwo. Dokument został spisany po łacinie, na pergaminie, przez nadwornego pisarza Tylona.

Nazwę grodu przejęto od dotychczasowej siedziby Mikołaja Przedpełkowica, którą od tej pory, dla odróżnienia, zaczęto określać Gostyniem Starym. Sam zaś wyraz „Gostyń” pochodzi od całkowicie już zapomnianego, ale znanego jeszcze średniowiecznym źródłom polskim, imienia osobowego „Gostek”, „Goston”. W dokumentach miasto występuje jako Gostina (1301), Gosthin (1305), Goztyn (1312), Gostyń (1315), Gostinia (1334). W średniowieczu Gostyń wchodził w skład ówczesnego powiatu kościańskiego. Stan ten trwał co najmniej od roku 1337 aż do rozbiorów. Jako parafia należała do biskupstwa poznańskiego i była częścią dekanatu śremskiego.

Zakładanie miasta Gostynia trwało z pewnością kilkanaście lub kilkadziesiąt lat. W pierwszej kolejności karczowano i wzmacniano miejsce, na którym wyznaczono rynek i promieniście wychodzące z niego ulice. Centrum miasta posadowiono na dębowych palach i balach. Być może jednym z pierwszych budynków, jakie tutaj wzniesiono, była świątynia. Data budowy pierwotnego, zapewne jednonawowego, usytuowanego we wschodniej części grodu kościoła parafii gostyńskiej nie jest jednakże znana.

Kościół parafialny w Gostyniu po raz pierwszy pojawia się w dokumentach w 1310 roku. W tym roku proboszczem był kapłan o imieniu Przecław. Jeszcze raz występuje on w źródłach w roku 1315. Kolejnymi proboszczami byli w Gostyniu: Andrzej (1324), Gniewomir (1339). Jedna z cegieł w dzisiejszej świątyni oznaczona jest datą 1320. Być może jest to fragment najstarszego kościoła, który był o 1/3 niższy od dzisiejszego prezbiterium. Zbudowanie tegoż kościoła należy przypisać członkom rodziny Łodziów. Od samego początku był on pod wezwaniem świętej Małgorzaty – męczennicy z IV wieku. Do XVII wieku miał jeszcze za patronów apostołów św. Judę Tadeusza i św. Szymona.

W roku 1393 Gostyń przeszedł w ręce potężnego rodu Wezenborgów, wywodzących się prawdopodobnie z Łużyc. Właścicielem miasta został Bartosz Wezenborg, podpisujący się często z „Odolanowa”. Jego potomkowie – Janusz i Bartosz, odziedziczywszy znaczną fortunę po ojcu wojewodzie, rozbudowali kościół św. Małgorzaty. W latach 1418-1436 nadbudowali prezbiterium, dobudowali nawę główną i boczne oraz wieżę – wszystko w stylu gotyckim. Miał on blisko 60 metrów długości (z wieżą) i niemal 20 metrów szerokości. Nie jest wykluczone, że kościołowi wyznaczono także funkcje obronne. Stąd jego masywne mury i zagadkowe podziemne puste przestrzenie, które mogą być po prostu podziemnymi drogami komunikacyjnymi. O prawdziwości tej tezy świadczy fakt istnienia w tym czasie skromnego, prawdopodobnie drewnianego zamku. Kościół św. Małgorzaty miał zatem większe walory obronne niż siedziba właścicieli.

Po Wezenborgach Gostyń w roku 1444 odziedziczyli Borkowie Gostyńscy. Nowi właściciele kontynuowali roboty wykończeniowe fary, rozpoczęte przez poprzedników. W następnym stuleciu Gostyńscy herbu Gryzima dobudowali kruchtę-babiniec (1523) i skarbczyk (1526). W tym też okresie dobudowano kaplicę św. Anny, na co wskazują napis i daty na cegłach w tej części kościoła – 1529 i 1531. Według przekazu, jej fundatorem był garncarz gostyński Makary Skoczylas. W połowie XVI wieku dziedzice Gostynia nadbudowali dwie ostatnie kondygnacje wieży. Nigdy nie zakończono jej hełmem i czterema gotyckimi wieżyczkami w narożach, co zapewne planowano.

Za sprawą ówczesnych dziedziców miasta, Jana Gostyńskiego i jego synów – Jana, Mikołaja i Krzysztofa, w latach 1560-1566 świątynią zawładnęli innowiercy. Co ciekawe, w posiadaniu katolików pozostawała wówczas kaplica św. Anny. W 1565 roku odbył się tutaj synod różnowierców, którego nadrzędnym celem było doprowadzenie do zgody między różnymi odłamami religijnymi, w tym przede wszystkim między luteranami i braćmi czeskimi. Zjazd zakończył się niepowodzeniem.

W 1682 roku doszło do największej znanej nam tragedii w dziejach kościoła. Z powodu wieloletnich zaniedbań i zmian konstrukcyjnych runął dach, sklepienie nawy głównej i trzy filary oraz ściana nawy południowej. Ks. Ignacy Gniński w dokumentach z wizytacji fary w 1685 roku zapisał: „Wizytowaliśmy Kościół ten w roku 1672 i znaleźliśmy dach na nim przeciekający a mury porysowane i zanieśliśmy najgorętsze prośby nasze do dziedzica miejsca i parafian, aby świątynię swoją czemprędzej ratowali, wystawiając im przed oczy widoczne niebezpieczeństwo walącego się Kościoła. W dzisiejszej wizycie naszej (1685) spostrzegliśmy, z wielkim bólem naszym, zawalone podniebienie Kościoła i powtórzyliśmy najusilniejsze prośby do dziedzica [właściciela miasta] i parafian, aby naprawiając dotychczasową opieszałość swoją, starali się podźwignąć czemprędzej z ruin ten Kościół”.

Zapewne na zubożenie Gostynia i na stan kościoła miał wpływ również „potop”, kiedy miasto zostało złupione przez Szwedów. Niemałe straty ponieśli również mieszkańcy, gdy król Jan Kazimierz stał pod Gostyniem w czasie rokoszu Lubomirskiego, w roku 1665. Świątynię odbudowano ostatecznie w roku 1689, nadając jej już barokowy wystrój.

Poważne remonty świątyni przeprowadzono w latach sześćdziesiątych XIX stulecia i w latach 1901-1906. Ten ostatni remont, którego podjął się ówczesny proboszcz, ks. Emil Jackowski, był wręcz niezbędny. Fara na początku XX wieku, jak widać na zachowanych fotografiach, przedstawiała widok żałosny. Pozałamywane dachy groziły zawaleniem. Nie lepiej wyglądało wnętrze: brudne tynki odpadały całymi płatami, a na wydeptanej posadzce można było skręcić nogę.

Kiedy podczas remontu zdjęto drewnianą posadzkę kościoła, podsypka piaskowa zapadła się niemal całkowicie. Pod całą nawą główną znajdowały się proste, drewniane trumny z czasów średniowiecza. W średniowieczu zwyczaj chowania zmarłych w kościele był powszechny, gdyż wierzono, zgodnie z ówczesnym prawem kanonicznym, że zasięg oddziaływania Najświętszego Sakramentu zależy od odległości od Niego. Po zapełnieniu trumnami wnętrz kościoła, zmarłych chowano przy murze świątyni. Świadczą o tym, między innymi, napisy na cegłach znajdujących się w murze kościoła: „TU LEŻY DOROTA 15...”, „TU LEŻY MAGDA”. Na trumny przy murze, gdzie chowano zwykłych parafian, natrafiono w latach siedemdziesiątych XX wieku, podczas wykopu pod krzyż misyjny.

Właścicieli miasta i dobroczyńców kościoła chowano w kryptach. Podczas remontu w latach 1901-1906 odkryto w posadzce prezbiterium czworo drzwi prowadzących do podziemi. Do trzech oddzielnych krypt pełnych bogato zdobionych trumien, zachowanych w różnym stanie, można było zejść po ceglanych schodach. W czwartej, maleńkiej krypcie, znajdowała się trumna w kształcie łodzi. Świadczyć to może o pochówku w niej kogoś ważnego z władającego miastem rodu Łodziów. Dziś nie istnieje żadne wejście do krypt – zostały one zamurowane.

Od roku 1531 wygląd zewnętrzny fary nie ulegał zasadniczo większym zmianom. Powiększono w istotny sposób tylko otwory okienne w prezbiterium i w nawach bocznych. Pierwotnie nawa główna była przykryta oddzielnym, bardziej stromym dachem. Nawy boczne posiadały samodzielne dachy o mniejszym spadku. Obecne przykrycie dachami i brak typowo gotyckiego zakończenia wieży widzimy już na pochodzącym z 1540 roku obrazie Matki Boskiej z ołtarza klasztoru na Świętej Górze w Gostyniu.

Duże zmiany następowały natomiast wewnątrz świątyni. Dotyczy to zubożenia wystroju, jak i wyposażenia. Ściany naw bocznych i głównej były pierwotnie nietynkowane, wykonane z ciemnozielonej i czerwonej cegły, ułożonej w krzyżowe wzory. Sklepienie nawy głównej, jak i filary, były wykonane w stylu gotyckim.

Najstarszą częścią świątyni, zachowaną do dzisiaj, jest pochodzące z początku XIV wieku prezbiterium. Jego mury sięgały pierwotnie do widocznego na zewnętrznej ścianie otynkowanego pasa. Wnętrze, po nadbudowie w XV wieku, prawdopodobnie zostało otynkowane. Tym samym przykryto wcześniejsze freski, pokrywające wszystkie jego ściany. Freski odkryto ponownie podczas remontu w latach 1901-1906 lecz, ze względu na brak środków finansowych, usunięto je. Umieszczone nad renesansowymi stallami przedstawiały mękę Jezusa od wjazdu do Jerozolimy aż do zesłania Ducha Świętego. Nad nimi, w łukach sklepienia, wykonane były zaś dwa duże freski. Jeden przedstawiał Sąd Ostateczny, natomiast drugi Chrystusa z barankiem. Do dnia dzisiejszego pozostał tylko niewielki fragment średniowiecznych fresków za ołtarzem głównym.

Do roku 1901 gostyńska fara posiadała trzynaście ołtarzy. Dzisiaj mamy tylko cztery: ołtarz główny i dwa boczne w nawie oraz ołtarz w kaplicy św. Anny. Co stało się z pozostałymi? Usunięto je z kościoła ze względu na bardzo zły stan. Sześć ołtarzy nawy głównej, które stały przy filarach i trzy ołtarze z kaplicy św. Anny zostały rozebrane i spalone podczas remontu. Swoim wystrojem nie ustępowały tym, które pozostały do dnia dzisiejszego.

Pomimo znacznego zubożenia, we wnętrzu fary możemy zobaczyć wiele ciekawych obiektów. Dzięki remontowi, który rozpoczął w 2002 roku proboszcz, ksiądz kanonik Artur Przybył, fara nabiera nowego blasku.

Sklepienie nawy głównej – kolebkowo-krzyżowe wzniesiono po roku 1682. Jego obecna polichromia wykonana została w 1952 roku, według projektu prof. Wacława Taranczewskiego. Pozostałe sklepienia prezbiterium, naw bocznych, wieży, kruchty i kaplicy św. Anny są wykonane w stylu gotyckim. Szczególną uwagę przykuwa polichromia sklepienia kaplicy św. Anny, zaprojektowana w roku 1905 przez wybitnego architekta poznańskiego Rogera Sławskiego. Warto zwrócić uwagę na wkomponowane w nią teksty najstarszej polskiej pieśni religijnej „Bogurodzicy”, a także modlitwy do św. Anny.

Chór organowy w nawie głównej jest późniejszy niż budowla. Pobudowano go w okresie baroku. Jest wybrzuszony ku prezbiterium, a na balustradzie znajdują się reliefy Oka Opatrzności, świętych niewiast i dwunastu apostołów. Obecne organy zamontowano w latach 1948-1949.

Ołtarz główny pochodzi z około 1658 roku. Ostatnio restaurowany był w latach 1952-1955. W polu środkowym ołtarza znajduje się obraz Matki Boskiej Szkaplerznej, a w nastawie obraz świętej Małgorzaty z Antiochii (ok. 1646). Wystroju dopełniają rzeźby dwóch biskupów, św. Wojciecha i św. Stanisława (patronów Polski), apostołów – św. Judy Tadeusza i św. Szymona, aniołów oraz bardzo bogaty ornament chrząstkowo-małżowinowy. Do lat dwudziestych XX wieku w miejscu rzeźb św. Wojciecha i św. Stanisława znajdowały się postacie św. Piotra i św. Pawła – patronów archidiecezji poznańskiej. Dolną część ołtarza zdobi płaskorzeźbione antepedium. Część tabernakulum pochodzi z rozebranego w XVIII wieku kościoła w Czachorowie koło Gostynia. Jego obecny wygląd jest efektem przebudowy dokonanej w latach 1901-1906.

W prezbiterium po stronie kaplicy św. Anny znajdują się zdobione skromnym, rzeźbionym motywem roślinnym stalle późnogotyckie z dwunastoma siedziskami,. Na ich zaplecku widoczny jest napis „ZKOVRONEK HOC DISPOSUIT 1514” (Skowronek wykonał w 1514) i herby Zarembów (niedźwiedź) oraz Borków Gostyńskich (lisy). Po stronie ewangelii ustawiono późnorenesansowe stalle (czternaście siedzisk) z drugiej ćwierci XVII wieku. Na ich zapleckach namalowane są postacie apostołów, a także dwóch świętych biskupów – św. Wojciecha i św. Stanisława. Pozostała część stalli od strony ołtarza głównego została wykonana później. Namalowane postacie na ich zapleckach przedstawiają świętych polskich i św. Floriana.

Wiadomo, że jeszcze na początku XIX wieku istniały wewnątrz fary płyty nagrobkowe fundatorów kościoła. Ostatnia posadzkowa płyta z prezbiterium została usunięta w XX stuleciu. W latach siedemdziesiątych ubiegłego wieku zdemontowano marmurowe balaski, oddzielające prezbiterium od nawy głównej.

W nawie głównej, przy łuku tęczowym znajdują się dwa ołtarze. Ołtarz Świętego Krzyża (od strony kaplicy św. Anny) pochodzi z połowy XVII wieku. Pierwotnie w polu środkowym znajdował się krucyfiks z pierwszej ćwierci XVII wieku. Predella tego ołtarza pochodzi z połowy XVI wieku i przedstawia męczeństwo św. Wawrzyńca. Do 1901 roku znajdowała się ona w jednym z rozebranych ołtarzy. Poprzednio w tym miejscu był obraz przedstawiający Wzgórze Oliwne z ukrzyżowanym Chrystusem.

Drugi ołtarz – z obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem w typie Matki Boskiej Śnieżnej pochodzi z pierwszej ćwierci XVII wieku. Obraz został namalowany na desce przez Jana Kaspra Kwiatkowskiego z Poznania.

Ambona pochodzi z pierwszej połowy wieku XVIII. Na balustradzie schodów widoczne są płaskorzeźby czterech ewangelistów. Na szczycie baldachimu znajduje się figura św. Pawła. Niżej na okapie umieszczono alegorie czterech znanych wówczas kontynentów – Europy, Azji, Afryki i Ameryk oraz dwa aniołki trzymające wstęgi z napisem „Gloria in excelsis Deo”. Na zaplecku znajduje się płaskorzeźba św. Grzegorza Papieża. Poniżej parapetu widać postać Jezusa nauczającego z łodzi. Ambonę podtrzymuje postać anioła.

Chrzcielnica wykonana jest z drewna w stylu rokokowym. Posiada bardzo bogaty ornament zwieńczony grupą chrztu Jezusa.

Rokokowe konfesjonały i komplet ławek nawy głównej wykonano około 1750 roku w warsztatach stolarskich księży filipinów na Świętej Górze koło Gostynia.

W kaplicy św. Anny podziwiać można ołtarz z 1548 roku. W centralnym miejscu ołtarza znajduje się grupa rzeźb, zwanych św. Anną Samotrzecią, z około 1510 roku. Poniżej umieszczona jest predella, namalowana na desce w 1546 roku. Przedstawia ona drzewo genealogiczne Matki Boskiej. Zwieńczenie ołtarza stanowi płaskorzeźba Trójcy Świętej. Dopełnieniem trzykondygnacyjnego ołtarza są rzeźby świętych niewiast, aniołów oraz monogramy św. Anny i NMP. Chór w kaplicy został zbudowany w latach 1678-1693 przez Wojciecha Libowicza, o czym zaświadczają dwie tablice inskrypcyjne.

Gostyńska fara jest jednym z niewielu zabytków średniowiecznych w Polsce zachowanych w pierwotnym stanie. Warto ją zobaczyć.